本片是以神木高中“古典部”为舞台,围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者,他信奉“不必要的事不做,非做不可的事就尽快解决”,过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他,却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠,国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。
三剑客成功拯救完水果世界后,由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌,直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲,东方求败被外人蛊惑利用,接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲,但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败,无意间看出当中端倪,东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时,方丈与果姥为保存实力,不单一个装疯扮傻,一个诈死,还出狠招将三剑客打落悬崖,并且疯言疯语,让众人误会三剑客,促使三剑客再无立足之地,必须远走他乡,从而避开东方求败的迫害。
在自家水库钓鱼,被神秘生物拉下水,重生成巨蟒寻求真相。