当他们进入怪物高中二年级时，克劳丁·沃尔夫、德拉古劳拉和弗兰基·斯坦面临新的学生、新的力量和更大的威胁，这不仅可能撕裂他们的友谊，而且可能永远改变世界。
在青梅竹马小兰（忽那汐里 饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平 饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则 饰）的表演。飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜 饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐慌。工藤新一就在1万英尺的高空展开推理。好不容易来到京都摄影所，针对男主角樱庭（中村俊介 饰）的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次（松坂桃李 饰）展开竞技般的推理……
一组来自PoaldPooTe大学的研究生写了一篇论文，给出了他们关于20年前未解决的校园谋杀的理论。一个阴谋被揭露，学生们现在面临着生命危险。当学生开始深入挖掘时，他们发现每个人都感到震惊。这一阴谋远远超出了任何人的预料，学生们一个个地消失了，因为他们试图比那些必须保持沉默的人领先一步
