神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
居于轩辕宫的青云帝无意中惹恼水灵，人间洪水泛滥，青云帝选出人间十二种动物为生肖，救百姓于水火之中。经过重重遴选，鼠、牛、虎、兔、龙、蛇、马、羊、猴、鸡、狗、猪十二种动物荣幸当选为十二生肖，飞升天庭，谁知动物们难守天庭清规，闯下大祸，被玉帝贬下凡间。子鼠以十二生肖之首的身份踏上漫漫长路，在将其他生肖聚集身边的同时，也取得了人类的信任，最后，十二生肖齐心协力，以人类守卫者的身份与洪水猛兽决一死战，青云帝、民间百姓，各路动物纷纷前来相助，最终取得胜利，完成试炼，十二生肖众心合一，回到天庭顺利归位。
