オリジナルSFアニメ『ストラトス・フォー』の続編。前作で見事に下地島基地を救った美風たちは、千鶴とアネットの推薦を受けコメットブラスターの昇進試験に向かう。そして、空や翼、岩崎らも異動で下地島基地から離れていった。こうして、人がいなくなった下地島に、新たなコメットブラスター候補として青木霧子、立花美麗、二宮磨奈の３人が配属になる。試験に失敗した美風たちは飛行教官見習いとして、コメットブラスター候補に教える日々がスタート。再び下地島が活気付いていく。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
