在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
龙墟界域，广袤无垠，宗门林立。羽神宗独占东方一隅，传承了无尽岁月，强者无数，难以撼动。门中设有天灵院，搜罗各处的天才少年加以培养，为宗门不断输送掌握妖兽力量的妖灵师。少年聂离，由羽神宗外门执事引荐，前往天灵院修行。在天灵院，聂离与神秘少女应月茹相遇。少女掌握了能够演算天机的天衍禁术，预感到羽神宗将会在各大家族的争权之中走向分崩离析的结局，而怀有赤子之心的聂离就是唯一能阻止这一切的天选之人。两人因此成为师徒，聂离必须在应月茹的指点下一步步登上羽神宗宗主之位。
天青宗杂役弟子安景，机缘之下获得融合系统，但他天生性格低调，不喜招摇，于是以杂役弟子的身份慢慢发育，从不出任何风头，踏上漫漫仙道之路，他暗地里帮助天青宗解决了许多大麻烦，从此天青宗多了一个神秘之人的传说！
万界大陆，强者如云，天才辈出。无数万中无一的少年天才，被冠以神子、帝子、道子之称，成为宗门的未来。而其中又只有万中无一者，可经历世间万重险、度无尽难，成为绝世强者，参与唯一的大道帝位之角逐。凡体凡命的废物秦书，因为父亲乃当世强者之一而成为神子，却也因此受尽了宗内上下鄙夷与嘲笑，直到有一天，他的三界签到系统终绑定进度终于达到了100 。 咚！到达绝云峰顶，恭喜你获得奖励：永动丹田！咚！到达月之浮空岛，恭喜你获得奖励：太阳神体！咚！规定时间内到达无根水池，恭喜你获得奖励：禁忌至尊皮！ …… 启封大帝失踪的消息震惊大陆，各方势力争夺帝位的乱世正式开始。十八神子秦书，便是在此时，踏上了周游四海，签到八荒的旅途……
